Der Halt entstand 1854 mit Verlängerung der Ludwigs-Westbahn von Schweinfurt nach Rottendorf. Schliesslich kam mit dem Bau der Werntalbahn nach Gemünden ab 1879 die Funktion eines Abzweigbahnhofs dazu. Zur Ausstattung gehören zwei Mittelbahnsteige an Gleis 3/4 und 5/6. Die beiden Gleise am Hausbahnsteig sind teilweise abgebaut. Weiterhin existiert ein Waigolshausen zugeordneter Anschluss zum Umspannwerk der Tennet TSO GmbH am ehemaligen Bahnhof Bergrheinfeld.
Im Jahre 1964 erhielt Waigolshausen ein Stellwerk der Baurt Sp Dr L30 welches 1972 durch ein Sp Dr L60 ersetzt wurde. Von hier aus wird Mühlhausen, Arnstein, Thüngen und Eußenheim ferngesteuert.
Chronik der Strecke Bamberg - Rottendorf (Ludwigs-Westbahn)
- 01.08.1852 Bamberg - Haßfurt (Eröffnung)
- 03.11.1852 Haßfurt - Schweinfurt Stadt (Eröffnung)
- 01.07.1854 Schweinfurt Stadt - Rottendorf (Eröffnung)
- 22.09.1971 Bamberg - Waigolshausen (Aufnahme elektrischer Betrieb)
- 26.05.1972 Waigolshausen - Rottendorf (Aufnahme elektrischer Betrieb)
Chronik der Strecke Waigolshausen - Gemünden (Werntalbahn):
- 15.05.1879 Waigolshausen - Gemünden (Main) (Eröffnung)
- 26.09.1971 Waigolshausen - Gemünden (Main) (Aufnahme elektrischer Betrieb)
- 30.05.1976 Waigolshausen - Gemünden (Main) (Einstellung Personenverkehr)
